در  راستای نقشه جامع علمی کشور، ماموریت مرکز جامع سلول های بنیادی و پزشکی بازساختی شناسایی، توانمند سازی، توسعه و راهبری ظرفیت های دانش و فناوری، تجاری سازی دانش و فراهم نمودن فضایی مناسب جهت شکوفایی و بهره مندی از علوم سلول های بنیادی و پزشکی بازساختی در تحقیقات به گونه ای است که ختم به حصول راهکارهای محصول محور جهت درمان  بیماری ها و حضور فعال در بازارهای جهانی به منظور کسب سهم مناسبی در راستای استقلال و توسعه اقتصادی کشور گردد.

ماموریت این مرکز در دو حوزه اصلی تعریف می گردد:

•    توسعه آموزش و پژوهش در زمینه‌های سلول های بنیادی و پزشکی بازساختی در سطح ملی و بین‌المللی
•    فناوری و تجاری‌سازی یافته‌های پژوهشی به منظور ارائه خدمات درمانی جهت بیماری های لاعلاج یا صعب العلاج

ارزش ها

• ظرفیت سازی و توانمندسازی و توسعه دانش و فناوری های سلول های بنیادی و پزشکی بازساختی
• تجاری سازی و تولید ثروت از دانش
• توسعه بهره وری و خلق ارزش